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　　税务部门结合A公司的增值税申报表、企业所得税申报表、个人所得税申报表、印花税申报明细等信息，利用大企业税收服务与风险管理作业平台采集存储的企业征管数据、财务数据和行为数据，采取表表核对、账表核对等方法，对A公司整体情况进行综合分析，发现企业可能存在4个典型税务风险点：企业租赁给集团内部其他企业的房屋未确认收入，用于职工福利的进项转出理论测算值和进项税额实际转出值配比异常，企业所得税税前扣除凭证不合规，长期股权投资增长印花税测算值与印花税产权转移书据计税依据差异偏大。

　　税务部门对A公司进行集团整体性风险分析时，发现其存在集团内部关联交易未确认收入的疑点。B公司是A公司的子公司，税务部门在审核B公司的增值税进项发票时注意到，B公司收到同集团C公司开具的租赁服务增值税发票。在对A公司进行穿透式分析的过程中，税务部门查阅了A公司账套信息，发现C公司对外租赁的房屋是A公司无偿提供给其使用的房屋，房屋所有权属于A公司。A公司存在无偿在集团内部提供租赁服务，未视同销售少申报企业所得税、增值税的风险。经核实，A公司2019年—2021年提供给同集团C公司使用的办公楼、宿舍楼和仓库，有资金往来记录，但未确认收入。

　　根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中，涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。因此，A公司用于职工福利的房屋租赁费、水电费等对应的进项税额，不得从销项税额中抵扣，应作进项税额转出处理。

　　根据税收征收管理法第十九条规定，纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。《国家税务总局关于发布〈企业所得税税前扣除凭证管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第28号，以下简称28号公告）第十五条规定，汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料。

　　案例中，2020年，A公司取得X药业有限公司100%股权，增加长期股权投资38200万元；取得Y药品包装有限公司100%股权，增加长期股权投资303.83万元；D国际贸易股份有限公司由A公司的孙公司转为子公司，增加长期股权投资1393.04万元。A公司2020年长期股权投资增长合计39896.87万元。2021年，E医药有限公司由孙公司转为子公司，增加长期股权投资500万元。A公司2021年长期股权投资增长合计500万元。